O princípio de funcionamento de um microscópio eletrônico de varredura se baseia na utilização de um feixe de elétrons de pequeno diâmetro que são defletidos por um sistema de bobinas, guiando o feixe de modo a varrer a superfície da amostra, a explorando ponto a ponto, por linhas sucessivas e transmitindo o sinal do detector a uma tela catódica.

A formação da imagem em um microscópio eletrônico de transmissão baseia-se na interação de um feixe de elétrons de alta voltagem (60 – 120 kV) com um espécime cortado em espessuras nanométricas (cortes ultrafinos). Ao atingir a amostra, o feixe é capaz de atravessar o material, sendo os elétrons transmitidos e projetados em uma tela fosforescente ou dispositivo de aquisição de imagem (câmera de alta resolução).

O Microscópio Confocal é utilizado para gerar imagens de alto contraste, tridimensionais e de alta definição de amostras espessas, por meio da acoplação de um orifício de abertura chamado de pinhole, que está no mesmo plano focal do objeto de estudo, sendo o seu diferencial quando comparado à microscopia de fluorescência convencional.